歯科の省力化補助金【2026年最新】医療法人も対象に

2026年3月公開の第6回公募で個人開業の歯科医院が、そして6月公開の第7回公募で歯科医業を営む医療法人が、相次いで補助対象に加わりました。歯科用CT、口腔内スキャナ、ミリングマシン、自動精算機——これまで全額自己資金で購入するしかなかった設備が、最大3分の2の補助で導入できるようになっています。

この記事では、制度の概要と申請要件を整理したうえで、補助金コンサルティング会社の解説記事ではまず触れられない「補助金を受け取った後の税務」まで、顧問先の約半数を歯科医院が占める公認会計士の立場から解説します。

この記事でわかること

歯科医院がいくら補助を受けられるのか（従業員数別の早見表と3つのモデルケース）
CT・口腔内スキャナなど、実際にどの機器が対象になるのか
補助金にかかる税金と、手残りを最大化する圧縮記帳の使い方

歯科医院の省力化補助金とは？まず制度の全体像を押さえる

中小企業省力化投資補助金は、人手不足に直面する中小企業等が設備投資によって業務を省力化し、生産性を高めることを支援する国の補助金です。経済産業省・中小企業庁が所管し、独立行政法人中小企業基盤整備機構が事務局を務めています。

歯科医院にとっては、「人が採れないなら、機械に任せる」ための投資を国が後押ししてくれる仕組みだと捉えるとわかりやすいでしょう。歯科衛生士の求人を出しても応募が来ない、受付スタッフが一人辞めると診療が回らない——そうした課題に対する設備投資が、まさに補助の対象になります。

一般型とカタログ注文型、歯科医院が使うべきなのはどちらか

省力化投資補助金には、2つの類型があります。

	カタログ注文型	一般型
投資内容	事務局に登録された汎用製品のカタログから選ぶ	自院の課題に合わせて設備・システムを個別に導入
補助上限額	最大1,500万円	最大1億円
申請の手間	比較的簡易	事業計画書の作成が必要
歯科での使いやすさ	登録製品が限られる	CT・口腔内スキャナ等を柔軟に選べる

歯科医院の場合、多くのケースで「一般型」が選択肢になります。カタログ注文型は登録済みの汎用製品から選ぶ形式のため、歯科特有の診療機器が揃っていないことが多いためです。以下、この記事では一般型を前提に解説します。

採択率は60〜70%台。ものづくり補助金の約2倍

補助金と聞くと「どうせ通らない」と感じる先生も少なくありません。しかし省力化投資補助金（一般型）の採択率は、第1回〜第4回で60〜70%弱の水準で推移しています。採択率が30%前後で推移しているものづくり補助金と比べると、およそ2倍です。

制度が比較的新しく、国として普及を進めたい段階にあることが背景にあります。裏を返せば、応募が増えるほど採択率は下がっていくと考えるのが自然です。検討しているのであれば、早い回次で申請するほうが有利です。

【2026年最新】個人開業医は第6回から、医療法人は第7回から対象に

歯科医院がこの補助金を使えるようになったのは、ごく最近のことです。制度開始当初、医療業は補助対象外とされていました。

個人開業の歯科医院（第6回公募〜）

2026年3月に公開された第6回公募で、医療・介護業が新たに補助対象へ追加されました。これにより、個人事業主として開業している歯科医院が申請できるようになりました。

歯科医業を営む医療法人（第7回公募〜）

2026年6月に公開された第7回公募要領で、補助対象者に「歯科医業を営む医療法人」が追加されました。主な要件は次のとおりです。

医療法第44条に基づき、都道府県知事の認可を受けて設立された医療法人であること
従業員数が300人以下であること

医療法人全般ではなく「歯科医業を営む」法人に限定されている点が特徴です。分院を複数展開する歯科医療法人にとっては、補助上限額が従業員数に応じて大きく上がるため、インパクトの大きい変更といえます。

それでも対象外・注意が必要なケース

従業員が1人もいない（院長のみの）医院——省力化の効果を示す対象がないため、原則として申請は困難です
みなし大企業に該当する場合
過去に同一事業で不正等があった場合
個人開業か医療法人かで、必要書類・要件が異なります

歯科医院はいくらもらえる？補助率と補助上限額の早見表

補助率

区分	補助率
中小企業（通常）	1/2
小規模事業者・再生事業者	2/3
中小企業（大幅賃上げ特例等の適用時）	2/3

多くの歯科医院は小規模事業者に該当し、補助率3分の2が適用される可能性があります。1,500万円の設備であれば1,000万円が補助される計算です。

補助上限額（従業員数別）

従業員数	通常	大幅賃上げ特例の適用時
5人以下	750万円	1,000万円
6〜20人	1,500万円	2,000万円
21〜50人	3,000万円	4,000万円
51〜100人	5,000万円	6,500万円
101人以上	8,000万円	1億円

ユニット数台・スタッフ数名という一般的な歯科医院であれば、まずは「750万円」または「1,500万円」の枠を前提に検討することになります。

歯科医院で対象になる機器・システム

補助対象経費の中心は「機械装置・システム構築費」で、単価50万円（税抜）以上であることが要件です。歯科医院で実際に検討されることの多いものを整理します。

診療機器

歯科用コーンビームCT
口腔内スキャナ（IOS）
ミリングマシン／CAD-CAMシステム
歯科技工用3Dプリンター

口腔内スキャナとミリングマシンを組み合わせた院内技工体制は、外注していた技工物の製作工程を院内に取り込むものです。工程削減の効果を数値で説明しやすく、省力化のストーリーを組み立てやすい代表例といえます。

滅菌・洗浄

ウォッシャーディスインフェクター（自動洗浄消毒器）
高圧蒸気滅菌器（クラスB）

器具の手洗浄・手仕分けにかかる歯科衛生士・歯科助手の作業時間を大きく削減できるため、省力化効果を「時間」で示しやすい設備です。

受付・会計・予約の自動化

自動精算機・セルフレジ
自動受付機・再来受付機
Web予約／リコール自動化システム
電子カルテとの連携に係るシステム構築費

対象になりにくいもの・注意が必要なもの

単価50万円（税抜）未満の機器
中古品、リース契約（原則として自院が資産を取得することが前提）
単なる更新・置き換えで、省力化効果を説明できないもの
建物の工事費用（機械の据付に必要な範囲を超えるもの）
機械装置以外の経費は、合計500万円（税抜）が上限

ここで最も重要なのは、「歯科用CTだから対象」なのではないという点です。その設備の導入によって、どの業務が、誰の、何時間分減るのか——それを事業計画で説明できるかどうかが分かれ目になります。審査で見られているのも、まさにここです。

【重要】補助金には税金がかかります——圧縮記帳を使わないと約3割が消える

ここからが、補助金の解説記事ではあまり書かれていない、しかし院長先生の手残りを最も大きく左右する論点です。

補助金は「収入」として課税される

補助金は、受け取った事業年度の益金（個人開業医の場合は総収入金額）に算入されます。つまり、課税されます。

一方で、補助金で購入した設備は減価償却によって数年〜十数年かけて費用化されます。歯科用CTの法定耐用年数は6年です。ここにタイミングのズレが生まれます。

例えば1,000万円の補助金を受け取り、1,500万円のCTを購入した場合、初年度は次のようになります。

補助金収入：1,000万円（全額がその年の利益に加算される）
減価償却費：約250万円（定額法・耐用年数6年の場合の1年分）

差し引き約750万円の利益が上乗せされ、これに所得税・住民税・事業税、あるいは法人税等が課されます。所得税の高い税率帯にいる院長であれば、300万円前後が税金として出ていく計算です。補助金をもらったのに、その年の資金繰りが苦しくなる——という逆転現象が、実際に起こり得ます。

解決策は「圧縮記帳」

これを解消するのが圧縮記帳です。

補助金で取得した固定資産について、補助金相当額だけ資産の帳簿価額を引き下げ（圧縮損を計上し）、その年の補助金収入と相殺する仕組みです。根拠条文は次のとおりです。

医療法人の場合：法人税法第42条（国庫補助金等で取得した固定資産の圧縮額の損金算入）
個人開業医の場合：所得税法第42条（国庫補助金等の総収入金額不算入）

圧縮記帳は、税金を「免除」する制度ではなく「繰り延べる」制度です。帳簿価額を下げた分だけ翌年以降の減価償却費は小さくなるため、長い目で見れば納税額の総額は変わりません。しかし、補助金を受け取った年の一時的な納税を回避し、手元資金を守れるという効果は非常に大きなものです。

申請の必須要件——3つの目標と、未達のリスク

申請にあたっては、事業計画のなかで次の3つの目標を設定し、その達成を約束することが求められます。

目標項目	求められる水準
給与支給総額	事業計画期間において年平均成長率＋3.5%以上
事業場内最低賃金	地域別最低賃金＋30円以上の水準を毎年維持
労働生産性	事業計画期間において年平均成長率＋4.0%以上

これは「機械を入れて楽になる」だけでは終わらない、という意味です。省力化によって生まれた余力を、スタッフの賃上げに回すことがセットで求められています。

歯科医院にとって、これは決して軽い約束ではありません。給与支給総額を年平均3.5%ずつ引き上げ続けるということは、5年間で約19%の人件費増を意味します。設備投資による省力化効果が、この人件費増を上回るのかどうか——事業計画では、そこを数字で示す必要があります。

そして、目標が未達に終わった場合、補助金の一部返還を求められる可能性があります。申請時の計画は「通すための作文」ではなく、今後5年間、実際に背負う経営目標として設計しなければなりません。

当事務所が申請をご支援する際、まず月次の損益と人件費率の推移を確認するのは、このためです。

※上記の水準は公募回次によって変更される可能性があります。申請時は必ず最新の公募要領をご確認ください。

スケジュールと、いま準備すべきこと

第7回公募のスケジュール

項目	日程
公募要領の公開	2026年6月5日
申請受付開始	2026年7月1日（水）10:00
申請締切	2026年7月31日（金）17:00
採択発表	2026年11月中旬（予定）

一般型の公募は年3〜4回のペースで実施されています。第7回に間に合わなくても、次回（第8回）は2026年秋以降に実施される見込みです。ただし、次に述べるとおり準備には時間がかかりますので、「次回に出す」と決めた時点から動き出すことをおすすめします。

GビズIDプライムの取得には2〜3週間かかる

申請にはGビズIDプライムアカウントが必須です。取得には印鑑証明書等の書類提出が必要で、発行までにおおむね2〜3週間を要します。「申請しよう」と決めてから取得を始めると、それだけで締切に間に合わなくなります。まだお持ちでない医院は、検討を始めた段階で先に取得しておいてください。

発注のタイミングを間違えると、全額が対象外になります

補助金の大原則として、交付決定前に発注・契約・支払いをした設備は補助対象になりません。

「良い機器の商談があったので、先に契約してしまった」——これで補助金を受けられなくなるケースが実際にあります。メーカーや販売店から「この機種は補助金が使えますよ」と勧められた場合も、契約書の締結日と交付決定日の前後関係は、必ずご自身で確認してください。

採択されてからが本番——入金までの流れと5年間の報告義務

補助金は、採択されて終わりではありません。全体の流れは次のとおりです。

交付申請・交付決定
設備の発注・導入・支払い
実績報告（証拠書類の提出）
補助金額の確定
補助金の入金
事業化状況報告（原則5年間、毎年）
消費税仕入控除税額の報告

まず押さえておきたいのは、補助金が実際に振り込まれるのは、設備を導入して支払いを済ませ、実績報告が受理された後だという点です。つまり、設備代金は一度、全額を自院で立て替える必要があります。1,500万円のCTであれば、1,500万円を先に用意しなければなりません。

金融機関からのつなぎ融資を含めた資金繰り計画が不可欠です。ここは、補助金の申請支援だけを行う業者ではカバーしきれない領域でもあります。

また、補助金の入金後も5年間にわたり、売上・従業員数・給与支給総額などの事業化状況報告が求められます。この報告に耐えるためには、日々の経理が整理されていることが前提になります。

よくある質問（FAQ）

Q1. 個人開業の歯科医院でも省力化補助金は使えますか？

A. はい。2026年3月公開の第6回公募から医療・介護業が対象に加わり、個人事業主として開業されている歯科医院も申請できるようになりました。

Q2. 医療法人はいつから対象になりましたか？

A. 2026年6月公開の第7回公募からです。医療法第44条に基づき都道府県知事の認可を受けて設立され、従業員数300人以下の「歯科医業を営む医療法人」が対象です。

Q3. 保険診療で使う機器も対象になりますか？

A. 対象になり得ます。判断されるのは保険診療か自費診療かではなく、その設備が省力化に資するかどうかです。

Q4. 歯科用CTや口腔内スキャナは対象ですか？

A. 単価50万円（税抜）以上の機械装置であり、導入による省力化効果を事業計画で説明できれば対象になり得ます。「CTだから必ず対象」というものではありません。

Q5. 補助金はいくらもらえますか？

A. 補助率は原則1/2（小規模事業者や特例適用時は2/3）、補助上限額は従業員5人以下で750万円、6〜20人で1,500万円などと従業員数に応じて決まります。

Q6. 補助金に税金はかかりますか？

A. かかります。補助金は益金（個人の場合は総収入金額）に算入されます。ただし圧縮記帳を適用することで、受け取った年の課税を繰り延べることができます。適用には決算での所定の処理が必要ですので、入金前に会計事務所へご相談ください。

Q7. リースでも補助対象になりますか？

A. 原則として、自院が資産を取得することが前提です。リース契約は取扱いが異なりますので、契約形態を決める前にご確認ください。

Q8. 採択されたら、すぐに機器を購入していいですか？

A. いいえ。交付決定の前に発注・契約・支払いをした設備は補助対象外になります。採択通知の後、交付決定を待ってから発注してください。

Q9. 補助金はいつ振り込まれますか？

A. 設備の導入・支払いを完了し、実績報告が受理され、補助金額が確定した後です。設備代金は一度、全額を立て替える必要があります。

Q10. 自分で申請できますか？

A. 制度上は可能です。ただし事業計画書では省力化効果を定量的に示す必要があり、月次の数字が整理されていないと作成は困難です。また、採択後の税務処理・資金繰りまで含めて考えると、顧問の会計事務所と連携して進めることをおすすめします。

まとめ

個人開業の歯科医院は第6回公募から、歯科医業を営む医療法人は第7回公募から補助対象
補助率は1/2〜2/3、補助上限額は従業員数に応じて750万円〜8,000万円（特例適用時は最大1億円）
対象は単価50万円（税抜）以上の機械装置。CT・口腔内スキャナ・ミリングマシン・自動精算機などが代表例
採択率は60〜70%台と、他の設備投資系補助金より高い水準
補助金は課税される。圧縮記帳を適用しないと、受け取った年に多額の納税が発生する
消費税の返還報告、措置法26条の適用判定など、歯科医院固有の論点がある
交付決定前の発注は全額対象外。GビズIDプライムの取得には2〜3週間かかる

省力化補助金は、歯科医院にとって設備投資のハードルを大きく下げる制度です。一方で、「補助金が下りたのに、翌年の納税で資金繰りが厳しくなった」というご相談も、実際に当事務所へ寄せられます。

補助金は、申請から採択、設備導入、税務処理、そして5年間の報告までが一続きの流れです。申請支援だけ、税務だけ、と分断されてしまうと、どこかで必ず綻びが出ます。

椿公認会計士事務所は、顧問先の約半数を歯科医院が占める会計事務所です。個人開業の先生から、複数医院を展開される医療法人まで、補助金の活用判断・資金繰り計画・税務処理までを一貫してご支援しています。

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